Java-ODBC-MS SQL-LINUX

Hola soy nueva en este foro y queria saber si me pueden resolver esta duda... :-)
... yo programo en Java junto con MS SQL en windows hace mas de un anio y hace bastante que estoy tratando de migrarme a LINUX (mas precisamente Ubuntu 6.06) y estoy teniendo problemas al tratar de conectar Java con el iODBC en Linux para acceder en forma remota a la otra computadora q tiene el servidor MS SQL. En windows voy a Herramientas Administrativas, ODBC y listo.. pero bajo linux???? como es la cosa? alguien me puede ayudar? he buscado sobre el tema y encontre que hay q configurar el archivo .iodbc.init o algo asi. Yo he bajado el iODBC con el Synaptic Package Manager y ahora? como relaciono eso con la base de datos de la maquina remota?